Bis heute ist die genaue Krankheitsursache der chronisch entzündlichen Darmerkrankungen unklar. Wahrscheinlich ist, dass es sich nicht nur um eine einzige Ursache handelt, sondern dass die Entzündungen durch ein Zusammenspiel verschiedener Ursachen bedingt sind. Dabei scheint die Vererbung eine maßgebliche Rolle zu spielen. Zwar handelt es sich bei der Colitis ulcerosa und beim Morbus Crohn nicht um typische Erbkrankheiten, doch scheinen die Gene die Grundlage für eine gewisse Krankheitsbereitschaft, eine erbliche Disposition also, zu legen, auf deren Boden weitere Ursachen wirksam werden.
Das können zum Beispiel Infektionen sein, besondere Ernährungsgewohnheiten und/oder Störungen in der Immunabwehr mit einer zum Teil übersteigerten Reaktion des Abwehrsystems.
Umstritten ist die Rolle psychischer Faktoren. Die derzeitige Lehrmeinung geht davon aus, dass die Psyche nicht für die Krankheitsentstehung verantwortlich ist. Dennoch können offensichtlich psychische Belastungen einen akuten Krankheitsschub auslösen oder diesen verstärken.
